1号馆（文科楼140室）主要庋藏宗教学、哲学、美学、民族学、历史学、文学、社会学类单册本学术著作。

2号馆（文科楼157室）位主要庋藏道教、佛教、民间宗教大型文献和基本古籍：

《道藏》《藏外道书》《中华道藏》《道藏集成》《道藏：正统道藏万历续道藏合刊》《中华续道藏》《庄林续道藏》《敦煌道藏》《道藏辑要》《道藏精华》《道藏要籍选刊》《道书集成》《三洞拾遗》《道医集成》《中国地方志佛道教文献汇纂》《百年道学精华集成》《中华珍本宝卷》《美国哈佛大学哈佛燕京图书馆藏宝卷汇刊》《老子集成》《子藏·老子卷》《子藏·庄子卷》《子藏·抱朴子卷》《子藏·淮南子卷》《子藏·列子卷》《子藏·鹖冠子卷》《子藏·关尹子卷》《子藏·文子卷》《大正新修大藏经》《永乐北藏》《赵城金藏》《碛砂大藏经》《高丽大藏经》《普慧大藏经》《频伽大藏经》《卍续藏经》《佛光大藏经》《汉译南传大藏经》《中国汉文大藏经补编》《唯识文献全编》《宋藏遗珍》《开宝遗珍》《禅宗全书》《星云大师全集》《中国灯录全书》《蕅益大师全集》《巨赞法师全集》《丛书集成》《中国少数民族旧期刊集成》《元史研究资料汇编》等。

3号馆（文科楼219室）主要庋藏地方志、档案、碑刻、金石、史学类大型文献，以及卿希泰先生著述作品、基督教研究资料：

《中国道观志丛刊》《中国道观志丛刊续编》《中国地方志集成（寺观志专辑）》《四川历代方志集成》、《重修四川通志稿》《珍稀四川方志丛刊》《北京大学图书馆藏稀见方志丛刊》《南京大学图书馆藏稀见方志丛刊》《中国人民大学图书馆藏稀见方志丛刊》《吉林大学图书馆藏稀见方志丛刊》《河北大学图书馆藏稀见方志丛刊》《首都图书馆藏稀见方志丛刊》《南京图书馆藏稀见方志丛刊》《重庆图书馆藏稀见方志丛刊》《广东省立中山图书馆藏稀见方志丛刊》《浙江图书馆藏稀见方志丛刊》《辽宁图书馆藏稀见方志丛刊》《日本藏中国罕见地方志丛刊续编》《中国地方志集成•重庆府县志辑》《中国地方志集成·福建府县志辑》《中国地方志集成•贵州府县志辑》《日本藏明清中国珍稀方志》《清代四川南部县衙门档案》《国家图书馆藏清代档案文献汇编》《吉林省档案馆藏清代档案史料选编》《大连图书馆藏清代内务府档案》《石刻史料新编》《中国西南地区历代石刻汇编》《陕西药王山碑刻艺术总集》《地方金石志汇编》《隋唐五代墓志汇编》《中国佛寺志丛刊》《中国祠墓志丛刊》《民国佛教期刊文献集成》《四库全书荟要》《四部丛刊》《古今图书集成》《二十四史》《明实录》《清实录》《东传福音》《圣教杂志》《华西边疆研究学会杂志》等。

4号馆（文科楼123室）主要庋藏港台出版的宗教文献、文学大型文献、宗教研究系列丛书，以及学位论文、学术期刊（过刊）等：

《中国传统科仪本汇编》、《道海法涵》、《台湾宗教资料汇编》、《曲艺丛刊》、《台湾释教科仪汇编》、《中国民间信仰民间文化资料汇编》、《近代关帝、玉皇经卷与玄门真宗文献》、《明清秘密会社史料撷珍·黄天道卷》、《法国国家图书馆藏明清天主教文献》、《徐家汇藏书楼藏明清天主教文献》、《耶稣会罗马档案馆明清天主教文献》、《民间宝卷》、《中国民间宝卷文献集成（江苏无锡卷）》、《国家图书馆藏佛道教书目题跋丛刊》、《中国古代道教宫观文化史料文献集成》、《法藏文库：中国佛教学术论典》《全唐诗》、《全宋文》、《全宋笔记》、《两汉全书》、《宋集珍本丛刊》《英国国家图书馆藏敦煌遗书》《汉魏六朝集部珍本丛刊》《中国易学文献集成续编》《史学辑佚文献汇编》《中国风土志丛刊续编》《域外藏本古史珍本文献丛刊》《新编世界佛学名著译丛》、《儒道释博士论文丛书》等。

5号馆（文科楼169室）主要庋藏线装古籍：

中华再造善本：《臞仙神奇秘谱》（一函三册）、《历代长术辑要》（一函十二册）、《对治十五鬼护身符》（一函一轴）、《因明正解藏论》（一函一百九十叶）、《天学阐微》（一函五册）等；

《新镌仙媛纪事》明万历三十年刻本、《玉清赞化九天演政心印集经》清光绪辛巳金盖山纯阳宫藏板、《道士女冠诗》清退耕堂本、《坤鑑宝镜》清光绪癸未积善斋刊本、《道言内外秘诀》明万历刊本、《文子通玄真经》宋刻本、《新雕洞灵真经》宋刻本、《女修正途十则》盖山纯阳宫藏板、《清规玄妙全真参访集》盖山纯阳宫藏板、《还源篇阐微》盖山纯阳宫藏板、《上品丹法节次》盖山纯阳宫藏板、《皇极阖辟证道仙经》盖山纯阳宫藏板、《抱朴子内篇》宋绍兴二十二年临安府荣六郎家刻本、《道德宝章》明万历十九年刻本、《龙门心法》清同治十年白云观藏板、《天仙正理直论》清乾隆二十九年重修本等。

6号馆（文科楼152室）主要庋藏日文、英文、巴利文等外文文献：

《周氏冥通记研究》《周氏冥通记索引》《道教大事典》《读道教经典》《真诰索引》《真诰研究》《近代日本宗教史资料》《冲绳的民间信仰》《日本宗教史1》《日本宗教史2》《宋代道家思想史研究》《山本暉久先生古稀記念論集——二十一世紀考古学の現在》《北朝仏教造像銘研究》《敦煌遺書調査記録續編》《漢魏晋南北朝時代の都城と陵墓の研究》《隋唐佛教文物史论考》《内藤湖南敦煌遗书调查记录》《唐代仏教美術史論攷仏教文化の伝播と日唐交流》《林謙三『隋唐燕楽調研究』とその周辺》《魏晋南北朝壁画墓の世界―絵に描かれた群雄割拠と民族移動の時代》《敦煌仏頂尊勝陀羅尼経変相図の研究》《東部ユーラシアのソグド人―ソグド人漢文墓誌の研究》《ソグド人墓誌研究》《考古学·博物館学の風景：中村浩先生古稀記念論文集》《復元 白沢図: 古代中国の妖怪と辟邪文化》《日本宗教事典》《新宗教事典》《海外佛教研究的方法和课题》《新宗教教团、人物事典》《阿含宗、桐山靖雄的正体》、DAOIST MODERN、Ritual Words:Daoist Liturgy and the Confucien Tradition in Sichuan Province、Anguttara-Nikaya: v. 1-6、Digha-Nikaya: v. 1-3、Majjhima-nikaya Set (4 Vols)、Samyutta-nikaya Set (6 Vols)、Papancasudani、Sumangalavilasini、Manorathapurani、Saratthappakasini、Kathavatthu 1902 [Hardcover]、Kathavatthu Commentary、buddjist thought in korea